O Superior Tribunal de Justiça tem jurisprudência majoritária no sentido de que, em havendo diferentes inscrições no CNPJ, a existência de débito tributário em nome de uma filial ou matriz não impede a expedição de regularidade fiscal em nome de outra. (Nesse sentido: AgRg no AREsp. 857.853/SP, Rel. Min. GURGEL DE FARIA, DJe 8.8.2016, AgRg no AREsp. 660.736/BA, Rel. Min. ASSUSETE MAGALHÃES, DJe 24.6.2016, AgInt no REsp. 1.434.810/DF, Rel. Min. HUMBERTO MARTINS, DJe 8.6.2016, AgInt no REsp 1771041/ES, Rel. Ministro NAPOLEÃO NUNES MAIA FILHO, PRIMEIRA TURMA, DJe 03/04/2019).

Esse  entendimento é baseado no  princípio da autonomia-jurídico administrativa de cada estabelecimento da empresa consagrado no art. 127, I, do CTN e, se a matriz possui inscrição no CNPJ diferente da  filial,  a  existência  de  débito  em  nome  de uma não impede a expedição de regularidade fiscal em benefício da outra da outra.

Contudo, recentemente a Fazenda Nacional em um processo que discute a questão, apresentou agravo interno no AREsp 1286122 alegando que uma empresa é um ente único e que a subdivisão em vários estabelecimentos ocorre apena para fins de organização da atividade negocial, mas a personalidade jurídica é uma só. Assim, a responsabilidade tributária é única e engloba todo o patrimônio do sujeito passivo.

Além disso, de acordo com a Fazenda, a inscrição no CNPJ diferenciada para as filiais, não leva à  conclusão cada estabelecimento tem personalidade diferente ou independente de sua matriz. Ademais, de acordo com a IN RFB 1634/2016, “a baixa da inscrição do estabelecimento matriz no CNPJ implica baixa de todas as inscrições dos estabelecimentos filiais da entidade”.

Por outro lado, o Tribunal de Contas da União (TCU) entende que,  matriz e filial não podem ser separadas para fins de entrega de certidão de regularidade fiscal, inclusive para efeitos de licitação.

Segundo a Fazenda, esses fatos levam ao entendimento de que não se possam entregar certidões individualizadas por estabelecimento.

Em vista desses argumentos, a Primeira Turma do STJ mudou seu entendimento para decidir que não é possível a expedição de CPD-EN em favor de um estabelecimento, se houver dívidas em outro estabelecimento da mesma pessoa jurídica (matriz ou filial). A Turma, por maioria de votos, vencidos os Ministros Relator Sergio Kukina e Napoleão Nunes Maia Filho, deu provimento ao agravo interno da Fazenda para, conhecendo do agravo, dar provimento ao recurso especial do ente fazendário.